针对生态文明建设面临的体制性障碍尚未得到根本改变，部门职能分散交叉较为突出，基层的环境监管能力薄弱的现象，农工党中央的提案建议，优先从环保领域启动大部门制改革，解决政出多门、权责不一、效能低下等突出问题，着力构建决策权、执行权、监督权相互制约又相互协调的治理运行机制，赋予国土资源和环保部门更多的决策权和监督权。

提案还建议，中央政府负责跨国界、跨地区、全流域生态环境治理，地方政府负责辖区内生态环境保护与污染治理，逐步推进省以下环保部门垂直管理，权责一致，能效统一，以科学精准的国家环保治理体系与能力建设，来提升生态环境保护与污染治理实效。